Su kalitesi alt modelinde, azot, fosfor ve oksijen biyokimyasal döngülerini oluşturan tüm süreçler ve birbirleri ile olan ilişkileri ve bu döngüler ile etkileşimli olarak zooplankton, fitoplankton ve bakteri konsantrasyonlarında ki değişimler çözümlenmektedir.