Batimetri modülü, başta dalga modülü olmak üzere diğer modüller için gereken batimetri verilerinin girildiği ve işlendiği alt-modüldür. Hydrotam-3d pro modüllerinde çalışılmak istenilen bölgenin batimetrisi kullanıcı tarafından bu modüle yüklenebildiği gibi Hydrotam-3d pro nun veri setlerindeki kullanıma açık olan batimetrelerden birini çalışmanızda kullanabilirsiniz. Projenizde derinlik verisi gerektiği zaman bu modül otomatik açılarak ilgili batimetri kullanıcı tarafından modüle yüklenir.